Pagasarri toponimoaren sorburua euskarazko “pago” eta “sarri” hitzak dira, hau da, “pago asko dagoen lekua”. Toponimo zahar-zaharra da, Diego López Haroko jaunak 1300. urtean emandako Bilboko Hiri Fundazioaren Gutunean agertzen baita, Fagasarri aldaeraz idatzita.